Bảo Tàng Hải Dương Học được thành lập theo quyết định số : 43/HDH-QD ngày 20 tháng 1 năm 1994 của Viện Hải Dương Học, có chức năng:

• Xây dựng các bộ mẫu chuẩn. Tổ chức duy tu, bảo quản và bổ sung các mẫu vật (sinh vật và phi sinh vật) ở biển Việt Nam; từng bước thu thập mẫu vật đặc trưng ở một số vùng biển trên thế giới.
• Nuôi thuần hóa và tiến tới nghiên cứu vá ứng dụng công nghệ cho sinh sản một số loài sinh vật biển là đối tượng của các Aquarium, làm cho nơi đây trở nên phong phú hấp dẫn dối với khách tham quan.
• Nghiên cứu triển khai các kỹ thuật về bảo tàng : biên soạn, xuất bản, trao đổi tài liệu (trong phạm vi bảo tàng) và vật mẫu với các cơ quan chức năng hoặc các Bảo tàng trong nước và nước ngoài.
• Tổ chức trưng bày vật mẫu, hình ảnh, các mô hình sinh thái biển và các dụng cụ khai thác biển, làm công tác tuyên truyền giáo dục với khách du lịch, nhằm giới thiệu tiềm năng, bảo vệ môi trường và phát triển nguồn lợi biển. Tạo điều kiện thuận lợi cho học sinh - sinh viên và các nhà khoa học đến học tập, nghiên cứu.