Phòng Động vật có Xương sống được thành lập theo quyết định số : 28/HDH-QD ngày 20 tháng 1 năm 1994 của Viện Hải Dương Học, có chức năng:
- Nghiên cứu đa dạng sinh học cá và động vật có xương sống ngoài cá ở biển Việt Nam.
- Điều tra nghiên cứu sinh học, sinh thái học và biến động nguồn lợi các loài cá có giá trị kinh tế, các loài động vật có xương sống ngoài cá ở biển Việt Nam.
- Nghiên cứu xây dựng phương pháp luận về biến động số lượng và dự báo nguồn lợi cá biển Việt Nam, đặc biệt là phương pháp luận nghiên cứu nguồn lợi cá đa loài.
- Đề xuất cơ sở khoa học và các biện pháp khai thác hợp lý và bảo vệ nguồn lợi động vật có xương sống ở biển Việt Nam.