Ban lãnh đạo		Hội Đồng Khoa học

Phòng Quản lý tổng hợp
Phòng vật lý Biển		Phòng Bảo Tàng Hải dương học
Phòng Địa chất Biển		Phòng Công nghệ nuôi trồng
Phòng Sinh thái và Môi trường Biển		Phòng Hóa sinh
Phòng Thủy địa hóa		Phòng Dữ liệu và Viễn thám Biển
Phòng Thực vật Biển		Phòng Sinh vật phù du Biển
Phòng Nguồn lợi Thủy sinh		Phòng Thông tin Thư viện
Phòng Động vật có xương sống		Phòng Phân tích thí nghiệm
Tổ GIS và Viễn thám		Trạm quan trắc Môi trường biển
Trạm Thực nghiệm		Tàu Nghiên cứu Biển NCB95