Từ năm 1952, Viện Hải Dương Học Đông Dương được đổi tên là Viện Hải Dương Học Nha Trang (L'Institut Océanographique de Nha Trang), về sau đổi thành Hải học Viện Nha Trang khi có quyết định của Chính phủ Pháp bàn giao cho Chính quyền miền Nam đương thời (1954). Tiến sĩ Raoul Sérène giữ nhiệm vụ vai trò cố vấn kỹ thuật cho đến tháng 03/1961. Thời gian này, đất nước chưa thống nhất, việc nghiên cứu biển mang tính chất khu vực. Viện Hải Dương Học Nha Trang hoạt động khó khăn trong điều kiện có chiến tranh nên phương hướng nhiệm vụ của Viện chú trọng vào việc đào tạo cán bộ nghiên cứu biển có trình độ trên đại học và đại học cộng đồng và tổ chức những chuyến khảo sát biển ven bờ, cù lao gần và tập trung vào cộng tác xác định mẫu vật sắp xếp lại theo bộ môn, viết báo cáo về các khảo sát có tính ứng dụng.
Tham gia khảo cứu vùng biển vịnh Thái Lan và miền Nam Việt Nam với Viện Scripps (Institution of Oceanography California) Hoa Kỳ trên tàu Stranger trong chương trình NAGA (1959-1960) và tham gia chương trình CSK (Cooper ative Study of Kuro shivo) (1965-1977) nghiên cứu ảnh hưởng của dòng Kuroshio.
Các Giám đốc:
-
Bác sĩ Ngô Bá Thành (1956-1957) chuyên gia thú y.
-
Ô. Nguyễn Đình Hưng (1957-1958) giảng nghiệm trưởng.
-
Tiến sĩ Phạm Hoàng Hộ (1959-1960) giáo sư thực vật học.
-
Tiến sĩ Nguyễn Chung Tú (1960-1962) giáo sư vật lý học.
-
Tiến sĩ Hoàng Ngọc Cẩn (1962-1963) giáo sư địa chất.
-
Tiến sĩ Nguyễn Hải (1963-1966) giáo sư địa vật lý.
-
Tiến sĩ Trần Ngọc Lợi (1967-1975) giáo sư sinh thái học, kiêm nhiệm Viện trưởng Đại học cộng đồng Duyên Hải.
-
Ô. Lê Đình Châu, Phó Giám đốc Hành chính Tài chính.
Cán bộ nghiên cứu khoa học chính :
-
Tiến sĩ cấp 3 Phan Phùng, nhà nghiên cứu thủy triều, Trưởng phòng.
-
Tiến sĩ cấp 3 Nguyễn Ngọc Thạch, nhà nghiên cứu địa chất biển, Trưởng phòng.
-
Cử nhân Phan Đình Tần, chuyên viên vật lý, Trưởng phòng.
-
Cử nhân Phạm Văn Thơm, chuyên viên địa hóa.
-
Cử nhân Tôn Thất Thống, chuyên viên động vật, Trưởng phòng.
-
Cử nhân Nguyễn Thượng Đào, chuyên viên phiêu sinh vật, Trưởng phòng nghiên cứu phiêu sinh.
-
Cử nhân Đoãn Văn Thông, chuyên viên thực vật biển, Trưởng phòng.
-
Cử nhân Lê Thị Ngọc Anh, chuyên viên phiêu sinh vật.
-
Cử nhân Lê Trọng Minh, chuyên viên thủy sinh vật học.
-
Cử nhân Đào Tấn Hổ, chuyên viên thủy sinh vật học.
-
Cử nhân Bùi Văn Dương, chuyên viên động vật học.
-
Cử nhân Lâm Văn Đạt, chuyên viên nghiên cứ động vật.
-
Cử nhân Nguyễn Hữu Đại, chuyên viên thực vật biển.
-
Cử nhân Trần Đình Sơn, chuyên viên hóa học biển.
-
Cử nhân Lý Quốc Hồng, chuyên viên động vật.
-
Cử nhân Phạm Cao Thăng, chuyên viên vật lý.
-
Cử nhân Đặng Mâu Phong, chuyên viên địa chấn.
-
Cử nhân Nguyễn Văn Xuân, chuyên viên động vật.
-
Cử nhân Trương Tiến Huy, chuyên viên hóa học.
-
Đặng Mậu Phong, chuyên viên địa chấn.
-
Ô. Trần Đình Nam , chuyên viên nghiên cứu động vật thân mềm.
-
Ô. Nguyễn Văn Lượm , chuyên viên nghiên cứu động vật giáp xác.
-
Ô. Trần Văn Nam, chuyên viên đồ họa.
-
Ô. Phan Hay, chuyên viên họa đồ.
-
Ô. Trần Đệ, chuyên viên nghề cá và tài chính.
-
Ô. Nguyễn Đình Ba, nghiệm chế viên vật lý.
-
Bà Đỗ Thị Như Nhung, nghiệm chế viên ngư học.
-
Bà Đỗ Thị Tuyết Nga, nghiệm chế viên bảo tàng.
-
Ô. Phạm Trọng Tự, nghiệm chế viên hồ cá.
-
Bà nguyễn Thị Hồng, nghiệm chế viên rong biển.
Đào tạo : 4 tiến sĩ quốc gia, 3 tiến sĩ cấp 3 và 4 cán bộ gởi đi tu nghiệp ở nước ngoài.
Phương tiện nghiên cứu
-
Tàu khảo sát biển Mao Tiên 1, 22CV. Tàu Mao Tiên 2 (176 CV, trọng tải 30 tấn, hàng hành 30 ngày đêm có 10 – 15 vị trí cho cán bộ khoa học làm việc)
-
Các phòng thí nghiệm vật lý hóa học, địa chất, phiêu sinh vật, phòng động vật, phòng thực vật.
-
1 thư viện có độ 5000 đầu sách và tạp chí, có nhiều sách khoa học cổ rất hiếm và trên 45.000 đề mục.
-
1 phòng vật mẫu sinh vật chứa 50.000 mẫu ở biển Việt Nam và Đông Nam Á.
Trụ sở của Viện : 01 Chương Dương, Cầu Đá, Nha Trang.