Viện hải Dương Học được thành lập từ ngày 14 tháng 09 năm 1922. Cho tới nay, qua gần một thế kỷ hoạt động và phát triển, Viện Hải Dương Học đã đóng góp được một khối lượng lớn các công trình nghiên cứu cho công cuộc chinh phục, khai thác và bảo vệ biển. Cùng với bao biến cố thăng trầm của lịch sử, các giai đoạn hoạt động và phát triển Viện có thể được chia như sau:
Giai đoạn từ năm 1922 - 1930
Giai đoạn từ năm 1930 - 1952
Giai đoạn từ năm 1952 - 1975
Giai đoạn từ năm 1959 - 1975
Giai đoạn từ năm 1975 - đến nay