Phòng Sinh thái Môi trường được thành lập theo quyết định số : 34/HDH-QD ngày 20 tháng 1 năm 1994 của Viện Hải Dương Học, có chức năng:
-
Nghiên cứu các phương pháp luận và xây dựng cơ sở nghiên cứu bản chất của vấn đề sinh thái và môi trường của biển nhiệt đới.
-
Xác định tình trạng của môi trường, xác định các đối tượng sinh vật làm chỉ thị.
-
Nghiên cứu năng suất sinh học của các hệ sinh thái biển nhiệt đới. Đề xuất giải pháp khai thác sử dụng.
-
Nghiên cứu triển khai các công nghệ môi trường.