Sau khi Việt Nam thống nhất, Viện Hải Dương Học Nha Trang, Viện Nghiên Cứu Biển Hải Phòng được sát nhập thành một Viện thống nhất lấy tên là Viện Nghiên Cứu Biển Nha Trang, trực thuộc Viên Khoa học Việt Nam, nay là Trung tâm Khoa học Tự nhiên và Công nghệ Quốc gia.

Đến năm 1993, Viện Hải Dương Học (L'Institut Océanographique) bao gồm tất cả các cơ quan nghiên cứu biển trên toàn quốc, Viện được tổ chức thành một Viện chính ở Nha Trang và hai phân viện ở Hải Phòng và Hà Nội.

Phương hướng của Viện Nghiên Cứu Biển :

Lâu dài :

• Nghiên cứu các dữ liệu để mô hình hóa việc sử dụng tài nguyên biển một cách hợp lý và bảo vệ môi trường biển trong sạch.

Trước mắt :

• Tiếp tục nghiên cứu điều tra cơ bản các điều kiện tự nhiên vật lý, hóa học, địa chất, sinh học, môi trường của các nguồn tài nguyên sinh vật và phi sinh vật. Chú trọng đến các hiện tượng xói lở và bồi tụ, sinh thái vùng biển ven bờ, các hải đảo và rạn san hô.

• Nghiên cứu công nghệ : chiết xuất các hoạt tính sinh học trong sinh vật biển, chống nhiễm bẩn, môi trường và nuôi trồng thủy sản.

• Thành lập ngân hàng dữ liệu biển Việt Nam và vùng phụ cận.  

Viện trưởng :

• Ô. Nguyễn Khương (thời gian từ 1975-1976).

• Tiến sĩ KH Lê Trọng Phấn (thời gian từ 1977-1988) Phó giáo sư sinh học biển.

• Tiến sĩ Nguyễn Hữu Phụng (thời gian từ 1988-1992) Phó giáo sư sinh học biển.

• Tiến sĩ Võ Văn Lành (thời gian từ 1992-1997) Phó giáo sư vật lý biển.

• Tiến sĩ KH Nguyễn Tác An (thời gian từ 1997 đến 2006) Phó giáo sư sinh thái môi trường biển.

• Tiến sĩ Bùi Hồng Long (thời gian từ 2006 đến nay) chuyên gia động lực biển.

Đội ngũ cán bộ khoa học :

• Tiến sĩ Nguyễn Kim Hùng, chuyên gia hóa sinh học.- Phó viện trưởng.

• Tiến sĩ KH Lê Phước Trình, chuyên gia dòng chảy - Phân viện trưởng và giám đốc trung tâm dữ liệu biển.

• Tiến sĩ Lã Văn Bài, chuyên gia vật lý thủy văn biển, Trạm trưởng trạm Quan trắc và kiểm soát môi trường biển, Nha Trang.  

• Tiến sĩ Nguyễn Bá Xuân, chuyên gia vật lý thủy văn biển.  

• Tiến sĩ Trịnh Phùng, chuyên gia địa mạo biển –Trưởng phòng.

• Tiến sĩ Trịnh Thế Hiếu, chuyên gia địa chất biển Trưởng phòng.

• Tiến sĩ Nguyễn Văn Chung, chuyên gia giáp xác biển- Trưởng phòng.

• Tiến sĩ Nguyễn Khắc Hường, chuyên gia phân loại động vật có xương sống biển Trưởng phòng.

• Tiến sĩ Nguyễn Phi Đính, chuyên gia sinh học cá - Trưởng phòng.

• Tiến sĩ Lâm Ngọc Trâm, chuyên gia hóa các hợp chất thiên nhiên - Trưởng phòng.

• Tiến sĩ Nguyễn Văn Khôi, chuyên gia động vật phiêu sinh biển - Trưởng phòng.

• Tiến sĩ Võ Sĩ Tuấn, chuyên gia san hô biển - Trưởng phòng.

• Tiến sĩ Nguyễn Hữu Đại, chuyên gia thực vật biển - Trưởng phòng.

• Tiến sĩ Nguyễn Văn Lục, chuyên gia số lượng biến động cá.

• Tiến sĩ Trương Sĩ Kỳ, chuyên gia nuôi cá ngựa biển - Trưởng phòng.

• Tiến sĩ Võ Đề, chuyên gia hóa ăn mòn kim loại  - Trưởng phòng.

• Tiến sĩ Nguyễn Hữu Dinh, chuyên gia rong biển  - Trưởng phòng

• Cử nhân Huỳnh Quang Năng, chuyên gia rong biển – Trưởng phòng

• Tiến sĩ Nguyễn Ngọc Lâm, chuyên viên tảo phiêu sinh.

• Thạc sĩ Nguyễn Thanh Vân, chuyên viên thông tin tư liệu – Trưởng phòng.

• Cử nhân Nguyễn Cho, chuyên viên động vật phiêu sinh.

• Kỹ sư Nguyễn Kim Vinh, chuyên viên động lực biển.

• Cử nhân Cao Phương Dung, chuyên viên hóa sinh học, Phó trưởng phòng.

• Cử nhân Phạm Văn Thơm, chuyên viên địa hóa và thủy hóa, Trưởng phòng.

• Cử nhân Hồ Bá Đỉnh, chuyên viên sinh học cá –Trưởng phòng

• Cử nhân Đào Tấn Hổ, chuyên viên động vật da gai - Trưởng phòng.

• Cử nhân Nguyễn Hữu Sửu, chuyên viên địa chất.

• Cử nhân Nguyễn Kim Đức, chuyên viên hóa sinh học - Phó phòng

• Cử nhân Bùi Thế Phiệt, chuyên viên ngư học -  Trưởng phòng.

• Cử nhân Võ Duy Sơn, chuyên viên vật lý phóng xạ.

• Cử nhân Đỗ Minh Thu, thư ký xuất bản Tuyển tập nghiên cứu Biển, Phó trưởng phòng.

• Cử nhân Phan Quảng, chuyên viên máy tính và dữ liệu biển, Phó trưởng phòng.

• Cử nhân Tống Phước Hoàng Sơn, chuyên viên GIS.

• Cử nhân Lê Lan Hương, chuyên viên vi sinh vật biển, Phó trưởng phòng.

• 1 đội  lặn sâu khảo sát đáy biển gồm 15 người.  

Đào tạo cán bộ khoa học trên đại học :

• Trong nước: 8 tiến sĩ, 3 thạc sĩ.

• Gởi đào tạo ở nước ngoài: 3 tiến sĩ KH,  7 tiến sĩ, 6 thạc sĩ.

Phương tiện nghiên cứu khoa học :

• Tàu khảo sát biển: NCB-03, NCB-04 (chuyển từ Mao tiên 2), NCB-05 (80 tấn, 250CV, trọng tải 30 tấn, tốc độ 8 hải lý / giờ, hàng hành 15 ngày đêm, 10 cán bộ khoa học).

• Các phòng thí nghiệm: vật lý, hóa học, địa chất, sinh vật và phòng thí nghiệm môi trường, có nhiều máy phân tích hiện đại như máy sắc kí khí, máy quang phổ hấp thụ nguyên tử, máy phổ kế gamma, máy huỳnh quang v.v...

• Một hệ thống Trạm quan trắc điều kiện tự nhiên từ Nha Trang đến Kiên Giang.

• Một thư viện có hơn 7000 đầu sách và 60.000 tạp chí khoa học được gởi từ 140 tổ chức quốc tế của hơn 30 nước trên thế giới, có nhiều tư liệu khoa học biển từ thế kỷ 18 – 19.

• Một ngân hàng dữ liệu biển Việt Nam và khu vực.

• Một bảo tàng Hải Dương học lưu trữ mẫu vật và hồ cá có 10.000 vật mẫu sinh vật.

• Một hệ thống thực nghiệm nuôi sinh vật biển.

Trụ sở Viện : Số 01 Cầu Đá, Nha Trang.