- Vùng lõi: là vùng có hệ sinh thái rạn san hô và đa dạng sinh học biển được bảo toàn nguyên vẹn, được quản lý và bảo vệ chặt chẽ, hạn chế tối đa các ảnh hưởng tiêu cực đến sinh cảnh, tạo điều kiện cho việc nghiên cứu khoa học và giáo dục đào tạo. Vùng bảo vệ nghiêm ngặt được giới hạn bởi đưòng bờ tính từ mực thuỷ triều thấp nhất chân các đảo ra phía biển đến đường giới hạn bỡi các điểm tọa độ.
- Vùng phục hồi sinh thái: làvùng được quản lý, bảo vệ và tổ chức các hoạt động nhằm phục hồi hệ sinh thái, đa dạng sinh học và nguồn lợi thủy sản tự nhiên nhằm mang lại lợi ích kinh tế cho cộng đồng. Một số diện tích trong khu vực này có thể sẽ được bổ sung cho Vùng lõi bảo vệ nghiêm ngặt.
- Vùng phát triển: là vùng phát triển các hoạt động du lịch, nuôi trồng và khai thác đánh bắt hải hải có sự kiểm soát; vùng cư dân sinh sống.
Tuy nhiên việc quản lý vùng lõi (vùng bảo vệ nghiêm ngoặc) có sự khác nhau giữa các khu bảo tồn. Một số khu bảo tồn hạn chế hoặc cấm các hoạt động lặn biển, bao gồm lặn có khí tài (bình lặn) hoặc chỉ bằng ống thở, chỉ cho phép hoạt động khảo sát, nghiên cứu khoa học phụ vụ phát triển hoặc bảo tồn.
Về chức năng thì vùng bảo vệ nghiêm ngoặc (vùng lõi) của các Khu bảo tồn biển gần giống với Khu dự trữ biển, tuy nhiên do vùng lõi là nơi có đa dạng sinh học cao, một số khu bảo tồn có rạn san hô đẹp và đa dạng, nhiều loài cá, tôm, cua… có màu sắc đẹp đã thu hút du khách lặn biển; đồng thời du khách cũng thích lặn ở vùng này. Do đó đã gây áp lực rất lớn đến vùng lõi.
Hiện nay trên thế giới đã có nhiều nghiên cứu đánh giá tính hiệu quả của các Khu dự trữ biển đối với nghề cá tại các vùng khai thác xung quanh. Nhiều kết quả đã chứng minh có sự gia tăng sinh khối của nhiều loài cá ở các khu vực xung quanh Khu dữ trữ biển được cho phép khai thác, do đó sau thời gian bảo tồn cần có các đánh giá nguồn lợi để kiểm chứng tính hiệu quả của công tác bảo tồn, vốn mất nhiều công sức và tài chính trong thời gian dài của các Khu bảo tồn biển, từ đó có giải pháp phù hợp trong việc điều chỉnh trong quy hoạch và quản lý; nhằm tiếp tục thực hiện công việc bảo tồn đa dạng sinh học biển hiệu quả, góp phần gìn giữ tài nguyên và phát triển kinh tế và xã hội.