Các đề tài, dự án chủ trì và tham gia tiêu biểu:

1. Đề tài số 11 thuộc Chương trình Biển Minh Hải - Thuận Hải (1977-1980).
2. Đề tài 7 (48-06-09) thuộc Chương trình Biển 48-06 (1981 – 1985)
3. Đề tài 8 (48-06-10) thuộc Chương trình Biển 48-06 (1981 – 1985)
4. Đề tài KT03.08 thuộc Chương trình Biển KT-03 (1991-1995)
5. Đề tài KT 04.5.2.9: Biên soạn Danh mục động vật biển Việt Nam, thuộc Chương trình nghiên cứu Cơ bản (1993-1999)
6. Đề án soạn thảo Động vật chí, Thực vật chí, Sách đỏ Việt Nam (1998 - 2007)
7. Dự án hợp tác theo nghị định thư Việt Nam - Đức: Nghiên cứu hiện tượng nước trổi và các quá trình có liên quan trong khu vực thềm lục địa Nam Việt Nam (2003 - 2006)
8. Đề tài KC 09.03/06-10: Nghiên cưu quá trình phát sinh thủy triều đỏ và sinh thái phát triển của các loài    tảo độc hại ở một số vùng ven bờ đặc trưng và ảnh hưởng của chúng tới nguồn lợi hải sản (2007 - 2010); thuộc Chương trình biển KC-09/06-.
9. Dự án CLIMEEViet: Biến đổi khí hậu và các hệ sinh thái vùng cửa sông ở Việt Nam. Các cá nhân tham gia (2009 - 2011)
10. Nhiệm vụ khoa học và công nghê cấp thiết mới phát sinh ở địa phương: Nghiên cứu cơ sở khoa học  của hiện tượng cá dữ tấn công người tắm biển tại vùng biển ven bờ Quy Nhơn và đề xuất các giải  pháp phòng ngừa (2010 - 2011).

Trong quá trình công tác, các cán bộ Phòng nguồn lợi Động vật có Xương sống biển đã xuất bản hơn 10 tập sách chuyên khảo và hơn 100 bài báo trong nước và quốc tế.

1. Danh mục cá biển Việt Nam (5 quyển), tập I, II, III, IV, V (Nguyễn Hữu Phụng chủ biên), năm   1994, 1995, 1997, 2005.
2. Động Vật chí Việt Nam, tập 10, Cá biển (tác giả Nguyễn Hữu Phụng), năm 2001
3. Động Vật chí Việt Nam, tập 12, Cá biển (tác giả Nguyễn Khắc Hường), năm 2001
4. Động Vật chí Việt Nam, tập 20, Cá biển (tác giả Nguyễn Khắc Hường, Trương Sĩ Kỳ), năm 2007
5. Động Vật chí Việt Nam, tập 17, Cá biển (tác giả Đỗ Thị Như Nhung), năm 2007
6. Động Vật chí Việt Nam, tập 19, Cá biển (tác giả Nguyễn Văn Lục, Lê Thị Thu Thảo, Nguyễn Phi Uy Vũ), năm 2007
7. Cơ sở sinh học cá biển Nhiệt đới (Lê Trọng Phấn, Trần Đôn, Hồ Sĩ Bình), năm 1999

Danh mục cá biển Việt Nam

Động vật chí - phần Cá biển

• Nghiên cứu nguồn lợi, đa dạng và sinh học cá vùng biển Việt Nam
• Điều tra nghiên cứu về trứng cá và cá bột vùng biển Việt Nam
• Điều tra nghiên cứu về cá dữ tấn công người ở vùng biển Quy nhơn và lân cận
• Điều tra thú biển, rắn biển và sinh vật độc hại có thể gây chết người ở vùng biển Việt Nam
• Điều tra nguồn giống của một số loài có giá trị kinh tế như cá mú, cá hồng, cá dìa, cá dò