Theo nội dung và kế hoạch của Dự án, một đợt quan trắc chất lượng môi trường nước vùng biển ven bờ huyện Ninh Hải (từ Bình Tiên đến cửa đầm Nại) đã được tiến hành vào tháng 9/2011. Các chỉ tiêu giám sát gồm oxy hòa tan, nhiệt độ, pH, độ muối, vật lơ lửng, độ đục, muối dinh dưỡng gồm NO2, NO3, PO4, và NH3,4, Fe, thuốc bảo vệ thực vật (BVTV) họ P hữu cơ và vi sinh (Vibrio và Coliform). Đơn vị thực hiện chính là phòng Thủy Địa Hóa và phòng Sinh Thái và Môi trường biển - Viện Hải Dương học.