Kết quả đề tài đã phân tích 191 mẫu và xác định được 76 loài san hô mềm thuộc 20 giống và 9 họ. Tổng hợp tất cả các kết quả nghiên cứu đã xác định san hô mềm ở Vịnh Nha Trang có 142 loài thuộc 30 giống và 11 họ. Hòn Vung và Hòn Miếu là hai nơi có số lượng loài cao nhất cùng có 27 loài, tiếp đến là Hòn Cau, Hòn Mun và Hòn Tằm. Bãi Lận và Hòn Rùa là nơi có thành phần loài khá thấp, Mũi Chụt chỉ ghi nhận được 2 loài. Giống Sinularia só số loài nhiều nhất là 34 loài, tiếp đến là Sarcophyton 13 loài, Lobophytum có 7 loài, Hòn Mun là nơi có số lượng loài thuộc giống Sinularia cao nhất có 13 loài, tiếp đến là Hòn Tằm và Hòn Miếu cùng có 10 loài. Có 32 loài thuộc 12 giống và 6 họ san hô mềm ghi nhận lần đầu cho Vịnh Nha Trang. Hòn Một và Hòn Miếu là nơi có số loài mới ghi nhận nhiều nhất cùng có 10 loài, các điểm còn lại dao động từ 5 – 8 loài. Kết quả nghiên cứu cho thấy khu hệ san hô mềm ở Vịnh Nha Trang thuộc vào loại đa dạng. Có sự thay đổi về thành phần loài theo thời gian ở một số điểm nghiên cứu ở Mũi Chụt, Hòn Miếu, Hòn Tằm, Hòn Một, Hòn Rùa và Nam Hòn Tre là khá lớn. Tất cả các điểm khảo sát đều giảm về số lượng cũng như có sự thay đổi trong thành phần loài, vấn đề này cũng cần được thảo luận thêm khi có các nghiên cứu sâu và chi tiết hơn.